Den etiske stillingtagen til fosterdiagnostik rummer nogle af de samme problemstillinger som ved provokeret abort. Spørgsmålet er blandt andet, om fosteret har et krav på beskyttelse og på at blive taget hensyn til, som taler imod at foretage provokeret abort, fordi fosteret jo herved går til grunde. Det er der flere og meget forskellige meninger om. Nogle mener, at hensynet til fosteret ikke vejer særlig tungt, i det mindste ikke så længe, det ikke er ret udviklet og har meget lidt til fælles med et fuldt udviklet menneske. Andre har derimod den opfattelse, at hensynet til fosteret er tungtvejende, fordi der er tale om menneskeligt liv, som skal behandles værdigt og med respekt (se FAQ Provokeret abort, hvor der er en mere uddybet diskussion af dette spørgsmål end her).
Et andet spørgsmål er, hvordan hensynet til fosteret skal afvejes i forhold til hensynet til den gravide kvindes selvbestemmelse. Svaret på dette spørgsmål afhænger selvfølgelig af, hvor tungvejende man anser hensynet til fosteret for at være. Men det afhænger også af, hvor meget man mener, der skal lovgives om – og hvor meget det skal overlades til borgerne selv at bestemme. Også her er der delte meninger.
I forhold til fosterdiagnostik støder der et nyt spørgsmål til, nemlig om det er mindre problematisk at abortere et alvorligt sygt eller handicappet foster end et raskt foster? Meget taler for, at dette kan siges at være tilfældet, i hvert fald i nogle situationer. Hvis et foster fx er både blindt og døvt og samtidig har en alvorlig hjertefejl, så det alligevel vil dø kort tid efter fødslen, kan det være svært at se et formål med at gennemføre graviditeten. Barnet opnår formodentlig alligevel ikke nogen glæde ved at være til i den korte tid, det får at leve i.
Men man skal måske være lidt varsom med at bruge argumentet, for det er svært at vurdere, hvor godt eller dårligt andres liv er — især når det drejer sig om personer, der er født med et handicap og derfor fra begyndelsen af har vænnet sig til at leve med det. Og hvor ”dårligt” skal livet for det kommende barn i øvrigt være, for at det kan retfærdiggøre en provokeret abort? En diskussion har fx været, om et liv med Downs syndrom er så dårligt, at det kan retfærdiggøre en abort. Mange mener, at dette ikke er tilfældet, men det betyder ikke nødvendigvis, at en provokeret abort dermed ikke kan retfærdiggøres. Hensynet til de kommende forældres ønsker og til den belastning, de udsættes for, skal også naturligvis også indgå i vurderingen.